re PR target/60697 ([aarch64] LRA ICE (Segfault) while building 435.gromacs)
2014-03-28 Vladimir Makarov <vmakarov@redhat.com> PR target/60697 * lra-constraints.c (index_part_to_reg): New. (process_address): Use it. 2014-03-28 Vladimir Makarov <vmakarov@redhat.com> PR target/60697 * gcc.target/aarch64/pr60697.c: New. From-SVN: r208926
This commit is contained in:
Vladimir Makarov
Vladimir Makarov
parent
4bb66ef337
commit
6e071b1e8f
@ -1,3 +1,9 @@
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2014-03-28 Vladimir Makarov <vmakarov@redhat.com>
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PR target/60697
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* lra-constraints.c (index_part_to_reg): New.
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(process_address): Use it.
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2014-03-27 Jeff Law <law@redhat.com>
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2014-03-27 Jeff Law <law@redhat.com>
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Jakub Jelinek <jakub@redhat.com>
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Jakub Jelinek <jakub@redhat.com>
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||||||
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@ -2631,6 +2631,20 @@ base_plus_disp_to_reg (struct address_info *ad)
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return new_reg;
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return new_reg;
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}
|
}
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||||||
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||||||
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/* Make reload of index part of address AD. Return the new
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pseudo. */
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static rtx
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index_part_to_reg (struct address_info *ad)
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{
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||||||
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rtx new_reg;
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||||||
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||||||
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new_reg = lra_create_new_reg (GET_MODE (*ad->index), NULL_RTX,
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||||||
|
INDEX_REG_CLASS, "index term");
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||||||
|
expand_mult (GET_MODE (*ad->index), *ad->index_term,
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||||||
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GEN_INT (get_index_scale (ad)), new_reg, 1);
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return new_reg;
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}
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||||||
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||||||
/* Return true if we can add a displacement to address AD, even if that
|
/* Return true if we can add a displacement to address AD, even if that
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||||||
makes the address invalid. The fix-up code requires any new address
|
makes the address invalid. The fix-up code requires any new address
|
||||||
to be the sum of the BASE_TERM, INDEX and DISP_TERM fields. */
|
to be the sum of the BASE_TERM, INDEX and DISP_TERM fields. */
|
||||||
@ -2935,7 +2949,7 @@ process_address (int nop, rtx *before, rtx *after)
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|||||||
emit_insn (insns);
|
emit_insn (insns);
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||||||
*ad.inner = new_reg;
|
*ad.inner = new_reg;
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||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else if (ad.disp_term != NULL)
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||||||
{
|
{
|
||||||
/* base + scale * index + disp => new base + scale * index,
|
/* base + scale * index + disp => new base + scale * index,
|
||||||
case (1) above. */
|
case (1) above. */
|
||||||
@ -2943,6 +2957,18 @@ process_address (int nop, rtx *before, rtx *after)
|
|||||||
*ad.inner = simplify_gen_binary (PLUS, GET_MODE (new_reg),
|
*ad.inner = simplify_gen_binary (PLUS, GET_MODE (new_reg),
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new_reg, *ad.index);
|
new_reg, *ad.index);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
/* base + scale * index => base + new_reg,
|
||||||
|
case (1) above.
|
||||||
|
Index part of address may become invalid. For example, we
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||||||
|
changed pseudo on the equivalent memory and a subreg of the
|
||||||
|
pseudo onto the memory of different mode for which the scale is
|
||||||
|
prohibitted. */
|
||||||
|
new_reg = index_part_to_reg (&ad);
|
||||||
|
*ad.inner = simplify_gen_binary (PLUS, GET_MODE (new_reg),
|
||||||
|
*ad.base_term, new_reg);
|
||||||
|
}
|
||||||
*before = get_insns ();
|
*before = get_insns ();
|
||||||
end_sequence ();
|
end_sequence ();
|
||||||
return true;
|
return true;
|
||||||
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|||||||
@ -1,3 +1,8 @@
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|||||||
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2014-03-28 Vladimir Makarov <vmakarov@redhat.com>
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PR target/60697
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|
* gcc.target/aarch64/pr60697.c: New.
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2014-03-27 Jeff Law <law@redhat.com>
|
2014-03-27 Jeff Law <law@redhat.com>
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PR target/60648
|
PR target/60648
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638
gcc/testsuite/gcc.target/aarch64/pr60697.c
Normal file
638
gcc/testsuite/gcc.target/aarch64/pr60697.c
Normal file
@ -0,0 +1,638 @@
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|||||||
|
/* { dg-do compile } */
|
||||||
|
/* { dg-options "-w -O3 -mcpu=cortex-a53" } */
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||||||
|
typedef struct __sFILE __FILE;
|
||||||
|
typedef __FILE FILE;
|
||||||
|
typedef int atom_id;
|
||||||
|
typedef float real;
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||||||
|
typedef real rvec[3];
|
||||||
|
typedef real matrix[3][3];
|
||||||
|
enum {
|
||||||
|
ebCGS,ebMOLS,ebSBLOCKS,ebNR
|
||||||
|
};
|
||||||
|
enum {
|
||||||
|
efepNO, efepYES, efepNR
|
||||||
|
};
|
||||||
|
enum {
|
||||||
|
esolNO, esolMNO, esolWATER, esolWATERWATER, esolNR
|
||||||
|
};
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
int nr;
|
||||||
|
atom_id *index;
|
||||||
|
atom_id *a;
|
||||||
|
} t_block;
|
||||||
|
enum {
|
||||||
|
F_LJ,
|
||||||
|
F_LJLR,
|
||||||
|
F_SR,
|
||||||
|
F_LR,
|
||||||
|
F_DVDL,
|
||||||
|
};
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
t_block excl;
|
||||||
|
} t_atoms;
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
t_atoms atoms;
|
||||||
|
t_block blocks[ebNR];
|
||||||
|
} t_topology;
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
} t_nsborder;
|
||||||
|
extern FILE *debug;
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
} t_nrnb;
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
int nri,maxnri;
|
||||||
|
int nrj,maxnrj;
|
||||||
|
int maxlen;
|
||||||
|
int solvent;
|
||||||
|
int *gid;
|
||||||
|
int *jindex;
|
||||||
|
atom_id *jjnr;
|
||||||
|
int *nsatoms;
|
||||||
|
} t_nblist;
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
int nrx,nry,nrz;
|
||||||
|
} t_grid;
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
} t_commrec;
|
||||||
|
enum { eNL_VDWQQ, eNL_VDW, eNL_QQ,
|
||||||
|
eNL_VDWQQ_FREE, eNL_VDW_FREE, eNL_QQ_FREE,
|
||||||
|
eNL_VDWQQ_SOLMNO, eNL_VDW_SOLMNO, eNL_QQ_SOLMNO,
|
||||||
|
eNL_VDWQQ_WATER, eNL_QQ_WATER,
|
||||||
|
eNL_VDWQQ_WATERWATER, eNL_QQ_WATERWATER,
|
||||||
|
eNL_NR };
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
real rlist,rlistlong;
|
||||||
|
real rcoulomb_switch,rcoulomb;
|
||||||
|
real rvdw_switch,rvdw;
|
||||||
|
int efep;
|
||||||
|
int cg0,hcg;
|
||||||
|
int *solvent_type;
|
||||||
|
int *mno_index;
|
||||||
|
rvec *cg_cm;
|
||||||
|
t_nblist nlist_sr[eNL_NR];
|
||||||
|
t_nblist nlist_lr[eNL_NR];
|
||||||
|
int bTwinRange;
|
||||||
|
rvec *f_twin;
|
||||||
|
int *eg_excl;
|
||||||
|
} t_forcerec;
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
real *chargeA,*chargeB,*chargeT;
|
||||||
|
int *bPerturbed;
|
||||||
|
int *typeA,*typeB;
|
||||||
|
unsigned short *cTC,*cENER,*cACC,*cFREEZE,*cXTC,*cVCM;
|
||||||
|
} t_mdatoms;
|
||||||
|
enum { egCOUL, egLJ, egBHAM, egLR, egLJLR, egCOUL14, egLJ14, egNR };
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
real *ee[egNR];
|
||||||
|
} t_grp_ener;
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
t_grp_ener estat;
|
||||||
|
} t_groups;
|
||||||
|
typedef unsigned long t_excl;
|
||||||
|
static void reset_nblist(t_nblist *nl)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
nl->nri = 0;
|
||||||
|
nl->nrj = 0;
|
||||||
|
nl->maxlen = 0;
|
||||||
|
if (nl->maxnri > 0) {
|
||||||
|
nl->gid[0] = -1;
|
||||||
|
if (nl->maxnrj > 1) {
|
||||||
|
nl->jindex[0] = 0;
|
||||||
|
nl->jindex[1] = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static void reset_neighbor_list(t_forcerec *fr,int bLR,int eNL)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
reset_nblist(&(fr->nlist_lr[eNL]));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static void close_i_nblist(t_nblist *nlist)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int nri = nlist->nri;
|
||||||
|
int len;
|
||||||
|
nlist->jindex[nri+1] = nlist->nrj;
|
||||||
|
len=nlist->nrj - nlist->jindex[nri];
|
||||||
|
if (nlist->solvent==esolMNO)
|
||||||
|
len *= nlist->nsatoms[3*nri];
|
||||||
|
if(len > nlist->maxlen)
|
||||||
|
nlist->maxlen = len;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static void close_nblist(t_nblist *nlist)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (nlist->maxnri > 0) {
|
||||||
|
int nri = nlist->nri;
|
||||||
|
if ((nlist->jindex[nri+1] > nlist->jindex[nri]) &&
|
||||||
|
(nlist->gid[nri] != -1)) {
|
||||||
|
nlist->nri++;
|
||||||
|
nlist->jindex[nri+2] = nlist->nrj;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static void close_neighbor_list(t_forcerec *fr,int bLR,int eNL)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
close_nblist(&(fr->nlist_lr[eNL]));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static void add_j_to_nblist(t_nblist *nlist,atom_id j_atom)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int nrj=nlist->nrj;
|
||||||
|
nlist->jjnr[nrj] = j_atom;
|
||||||
|
nlist->nrj ++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static void put_in_list(int bHaveLJ[],
|
||||||
|
int ngid,t_mdatoms *md,
|
||||||
|
int icg,int jgid,int nj,atom_id jjcg[],
|
||||||
|
atom_id index[],
|
||||||
|
t_excl bExcl[],int shift,
|
||||||
|
t_forcerec *fr,int bLR,
|
||||||
|
int bVDWOnly,int bCoulOnly)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
t_nblist *vdwc,*vdw,*coul;
|
||||||
|
t_nblist *vdwc_ww=((void *)0),*coul_ww=((void *)0);
|
||||||
|
t_nblist *vdwc_free=((void *)0),*vdw_free=((void *)0),*coul_free=((void *)0);
|
||||||
|
int i,j,jcg,igid,gid,ind_ij;
|
||||||
|
atom_id jj,jj0,jj1,i_atom;
|
||||||
|
int i0,nicg,len;
|
||||||
|
int *type,*typeB;
|
||||||
|
unsigned short *cENER;
|
||||||
|
real *charge,*chargeB;
|
||||||
|
real qi,qiB,qq,rlj;
|
||||||
|
int bWater,bMNO,bFree,bFreeJ,bNotEx,*bPert;
|
||||||
|
charge = md->chargeA;
|
||||||
|
chargeB = md->chargeB;
|
||||||
|
type = md->typeA;
|
||||||
|
typeB = md->typeB;
|
||||||
|
cENER = md->cENER;
|
||||||
|
bPert = md->bPerturbed;
|
||||||
|
i0 = index[icg];
|
||||||
|
nicg = index[icg+1]-i0;
|
||||||
|
bMNO = (fr->solvent_type[icg] == esolMNO);
|
||||||
|
if (bLR) {
|
||||||
|
if (bWater) {
|
||||||
|
vdw = &fr->nlist_lr[eNL_VDW];
|
||||||
|
coul = &fr->nlist_lr[eNL_QQ_WATER];
|
||||||
|
vdwc_ww = &fr->nlist_lr[eNL_VDWQQ_WATERWATER];
|
||||||
|
} else if(bMNO) {
|
||||||
|
vdwc = &fr->nlist_lr[eNL_VDWQQ_SOLMNO];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (fr->efep != efepNO) {
|
||||||
|
vdw_free = &fr->nlist_lr[eNL_VDW_FREE];
|
||||||
|
coul_free = &fr->nlist_lr[eNL_QQ_FREE];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
if (bWater) {
|
||||||
|
} else if(bMNO) {
|
||||||
|
vdwc = &fr->nlist_sr[eNL_VDWQQ_SOLMNO];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (fr->efep != efepNO) {
|
||||||
|
vdwc_free = &fr->nlist_sr[eNL_VDWQQ_FREE];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (fr->efep==efepNO) {
|
||||||
|
if (bWater) {
|
||||||
|
igid = cENER[i_atom];
|
||||||
|
gid = ((igid < jgid) ? (igid*ngid+jgid) : (jgid*ngid+igid));
|
||||||
|
if (!bCoulOnly && !bVDWOnly) {
|
||||||
|
new_i_nblist(vdwc,bLR ? F_LJLR : F_LJ,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
new_i_nblist(vdwc_ww,bLR ? F_LJLR : F_LJ,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (!bCoulOnly)
|
||||||
|
new_i_nblist(vdw,bLR ? F_LJLR : F_LJ,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
if (!bVDWOnly) {
|
||||||
|
new_i_nblist(coul,bLR ? F_LR : F_SR,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
new_i_nblist(coul_ww,bLR ? F_LR : F_SR,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for(j=0; (j<nj); j++) {
|
||||||
|
jcg=jjcg[j];
|
||||||
|
if (jcg==icg)
|
||||||
|
jj0 = index[jcg];
|
||||||
|
if (bWater && (fr->solvent_type[jcg] == esolWATER)) {
|
||||||
|
if (bVDWOnly)
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdw,jj0);
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
add_j_to_nblist(coul_ww,jj0);
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdwc_ww,jj0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
jj1 = index[jcg+1];
|
||||||
|
if (bCoulOnly) {
|
||||||
|
for(jj=jj0; (jj<jj1); jj++) {
|
||||||
|
if (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38)
|
||||||
|
add_j_to_nblist(coul,jj);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else if (bVDWOnly) {
|
||||||
|
for(jj=jj0; (jj<jj1); jj++)
|
||||||
|
if (bHaveLJ[type[jj]])
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdw,jj);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for(jj=jj0; (jj<jj1); jj++) {
|
||||||
|
if (bHaveLJ[type[jj]]) {
|
||||||
|
if (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38)
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdwc,jj);
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdw,jj);
|
||||||
|
} else if (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38)
|
||||||
|
add_j_to_nblist(coul,jj);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
close_i_nblist(vdw);
|
||||||
|
close_i_nblist(coul);
|
||||||
|
close_i_nblist(vdwc);
|
||||||
|
close_i_nblist(coul_ww);
|
||||||
|
close_i_nblist(vdwc_ww);
|
||||||
|
} else if (bMNO) {
|
||||||
|
igid = cENER[i_atom];
|
||||||
|
gid = ((igid < jgid) ? (igid*ngid+jgid) : (jgid*ngid+igid));
|
||||||
|
if (!bCoulOnly && !bVDWOnly)
|
||||||
|
new_i_nblist(vdwc,bLR ? F_LJLR : F_LJ,i_atom,shift,gid,
|
||||||
|
&(fr->mno_index[icg*3]));
|
||||||
|
if (!bCoulOnly)
|
||||||
|
new_i_nblist(vdw,bLR ? F_LR : F_SR,i_atom,shift,gid,
|
||||||
|
&(fr->mno_index[icg*3]));
|
||||||
|
if (!bVDWOnly)
|
||||||
|
new_i_nblist(coul,bLR ? F_LR : F_SR,i_atom,shift,gid,
|
||||||
|
&(fr->mno_index[icg*3]));
|
||||||
|
for(j=0; (j<nj); j++) {
|
||||||
|
jcg=jjcg[j];
|
||||||
|
if (jcg == icg)
|
||||||
|
jj0 = index[jcg];
|
||||||
|
jj1=index[jcg+1];
|
||||||
|
for(jj=jj0; (jj<jj1); jj++) {
|
||||||
|
if (bCoulOnly) {
|
||||||
|
if (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38)
|
||||||
|
add_j_to_nblist(coul,jj);
|
||||||
|
} else if (bVDWOnly) {
|
||||||
|
if (bHaveLJ[type[jj]])
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdw,jj);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (bHaveLJ[type[jj]]) {
|
||||||
|
if (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38)
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdwc,jj);
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdw,jj);
|
||||||
|
} else if (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38)
|
||||||
|
add_j_to_nblist(coul,jj);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
close_i_nblist(vdw);
|
||||||
|
close_i_nblist(coul);
|
||||||
|
close_i_nblist(vdwc);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for(i=0; i<nicg; i++) {
|
||||||
|
igid = cENER[i_atom];
|
||||||
|
gid = ((igid < jgid) ? (igid*ngid+jgid) : (jgid*ngid+igid));
|
||||||
|
qi = charge[i_atom];
|
||||||
|
if (!bCoulOnly && !bVDWOnly)
|
||||||
|
new_i_nblist(vdwc,bLR ? F_LJLR : F_LJ,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
if (!bCoulOnly)
|
||||||
|
new_i_nblist(vdw,bLR ? F_LR : F_SR,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
if (!bVDWOnly)
|
||||||
|
new_i_nblist(coul,bLR ? F_LR : F_SR,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
if (!(bVDWOnly || fabs(qi)<1.2e-38) || !(bCoulOnly || !bHaveLJ[type[i_atom]])) {
|
||||||
|
for(j=0; (j<nj); j++) {
|
||||||
|
jcg=jjcg[j];
|
||||||
|
if (jcg == icg)
|
||||||
|
jj0 = i0 + i + 1;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
jj0 = index[jcg];
|
||||||
|
jj1=index[jcg+1];
|
||||||
|
for(jj=jj0; jj<jj1; jj++) {
|
||||||
|
bNotEx = !((int) ((bExcl)[((atom_id) (jj))] & (1<<((atom_id) (i)))));
|
||||||
|
if (bNotEx) {
|
||||||
|
if (bCoulOnly) {
|
||||||
|
if (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38)
|
||||||
|
add_j_to_nblist(coul,jj);
|
||||||
|
} else if (bVDWOnly) {
|
||||||
|
if (bHaveLJ[type[jj]])
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdw,jj);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (bHaveLJ[type[jj]]) {
|
||||||
|
if (fabs(qi) > 1.2e-38 && (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38))
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdwc,jj);
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdw,jj);
|
||||||
|
} else if (fabs(qi) > 1.2e-38 && (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38))
|
||||||
|
add_j_to_nblist(coul,jj);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
close_i_nblist(vdw);
|
||||||
|
close_i_nblist(coul);
|
||||||
|
close_i_nblist(vdwc);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for(i=0; i<nicg; i++) {
|
||||||
|
igid = cENER[i_atom];
|
||||||
|
gid = ((igid < jgid) ? (igid*ngid+jgid) : (jgid*ngid+igid));
|
||||||
|
qi = charge[i_atom];
|
||||||
|
qiB = chargeB[i_atom];
|
||||||
|
if (!bCoulOnly && !bVDWOnly)
|
||||||
|
new_i_nblist(vdwc,bLR ? F_LJLR : F_LJ,i_atom,shift,gid,
|
||||||
|
bMNO ? &(fr->mno_index[icg*3]) : ((void *)0));
|
||||||
|
if (!bCoulOnly)
|
||||||
|
new_i_nblist(vdw,bLR ? F_LR : F_SR,i_atom,shift,gid,
|
||||||
|
bMNO ? &(fr->mno_index[icg*3]) : ((void *)0));
|
||||||
|
new_i_nblist(coul,bLR ? F_LR : F_SR,i_atom,shift,gid,
|
||||||
|
bMNO ? &(fr->mno_index[icg*3]) : ((void *)0));
|
||||||
|
new_i_nblist(vdw_free,F_DVDL,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
new_i_nblist(coul_free,F_DVDL,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
new_i_nblist(vdwc_free,F_DVDL,i_atom,shift,gid,((void *)0));
|
||||||
|
if (!(bVDWOnly || (fabs(qi)<1.2e-38 && fabs(qiB)<1.2e-38)) ||
|
||||||
|
!(bCoulOnly || (!bHaveLJ[type[i_atom]] && !bHaveLJ[typeB[i_atom]]))) {
|
||||||
|
for(j=0; (j<nj); j++) {
|
||||||
|
jcg=jjcg[j];
|
||||||
|
if (jcg == icg)
|
||||||
|
jj0 = i0 + i + 1;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
jj0 = index[jcg];
|
||||||
|
jj1=index[jcg+1];
|
||||||
|
bFree = bPert[i_atom];
|
||||||
|
for(jj=jj0; (jj<jj1); jj++) {
|
||||||
|
bFreeJ = bFree || bPert[jj];
|
||||||
|
if ((!bWater && !bMNO) || i==0 || bFreeJ) {
|
||||||
|
bNotEx = !((int) ((bExcl)[((atom_id) (jj))] & (1<<((atom_id) (i)))));
|
||||||
|
if (bNotEx) {
|
||||||
|
if (bFreeJ) {
|
||||||
|
if (bCoulOnly)
|
||||||
|
add_j_to_nblist(coul_free,jj);
|
||||||
|
else if (bVDWOnly)
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdw_free,jj);
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdwc_free,jj);
|
||||||
|
} else if (bCoulOnly) {
|
||||||
|
add_j_to_nblist(coul,jj);
|
||||||
|
} else if (bVDWOnly) {
|
||||||
|
if (bHaveLJ[type[jj]])
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdw,jj);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (bHaveLJ[type[jj]]) {
|
||||||
|
if (fabs(qi) > 1.2e-38 && (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38))
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdwc,jj);
|
||||||
|
add_j_to_nblist(vdw,jj);
|
||||||
|
} else if (fabs(qi) > 1.2e-38 && (fabs(charge[jj]) > 1.2e-38))
|
||||||
|
add_j_to_nblist(coul,jj);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
close_i_nblist(vdw);
|
||||||
|
close_i_nblist(coul);
|
||||||
|
close_i_nblist(vdwc);
|
||||||
|
if (bWater && (i==0)) {
|
||||||
|
close_i_nblist(coul_ww);
|
||||||
|
close_i_nblist(vdwc_ww);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
close_i_nblist(vdw_free);
|
||||||
|
close_i_nblist(coul_free);
|
||||||
|
close_i_nblist(vdwc_free);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static void setexcl(atom_id start,atom_id end,t_block *excl,int b,
|
||||||
|
t_excl bexcl[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
atom_id i,k;
|
||||||
|
if (b) {
|
||||||
|
for(i=start; i<end; i++) {
|
||||||
|
for(k=excl->index[i]; k<excl->index[i+1]; k++) {
|
||||||
|
(bexcl)[((atom_id) (excl->a[k]))] |= (1<<((atom_id) (i-start)));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
int calc_naaj(int icg,int cgtot)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int naaj;
|
||||||
|
if ((cgtot % 2) == 1) {
|
||||||
|
naaj = 1+(cgtot/2);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if ((cgtot % 4) == 0) {
|
||||||
|
if (icg < cgtot/2) {
|
||||||
|
if ((icg % 2) == 0)
|
||||||
|
naaj=1+(cgtot/2);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
if ((icg % 2) == 1)
|
||||||
|
naaj=1+(cgtot/2);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
if ((icg % 2) == 0)
|
||||||
|
naaj=1+(cgtot/2);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
naaj=cgtot/2;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return naaj;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static void get_dx(int Nx,real gridx,real grid_x,real rc2,real x,
|
||||||
|
int *dx0,int *dx1,real *dcx2)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
real dcx,tmp;
|
||||||
|
int xgi,xgi0,xgi1,i;
|
||||||
|
xgi = (int)(Nx+x*grid_x)-Nx;
|
||||||
|
if (xgi < 0) {
|
||||||
|
*dx0 = 0;
|
||||||
|
*dx1 = -1;
|
||||||
|
} else if (xgi >= Nx) {
|
||||||
|
*dx0 = Nx;
|
||||||
|
*dx1 = Nx-1;
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
dcx2[xgi] = 0;
|
||||||
|
*dx0 = xgi;
|
||||||
|
xgi0 = xgi-1;
|
||||||
|
*dx1 = xgi;
|
||||||
|
xgi1 = xgi+1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for(i=xgi0; i>=0; i--) {
|
||||||
|
dcx = (i+1)*gridx-x;
|
||||||
|
tmp = dcx*dcx;
|
||||||
|
if (tmp >= rc2)
|
||||||
|
*dx0 = i;
|
||||||
|
dcx2[i] = tmp;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for(i=xgi1; i<Nx; i++) {
|
||||||
|
dcx = i*gridx-x;
|
||||||
|
tmp = dcx*dcx;
|
||||||
|
if (tmp >= rc2)
|
||||||
|
*dx1 = i;
|
||||||
|
dcx2[i] = tmp;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static void do_longrange(FILE *log,t_commrec *cr,t_topology *top,t_forcerec *fr,
|
||||||
|
int ngid,t_mdatoms *md,int icg,
|
||||||
|
int jgid,int nlr,
|
||||||
|
atom_id lr[],t_excl bexcl[],int shift,
|
||||||
|
rvec x[],rvec box_size,t_nrnb *nrnb,
|
||||||
|
real lambda,real *dvdlambda,
|
||||||
|
t_groups *grps,int bVDWOnly,int bCoulOnly,
|
||||||
|
int bDoForces,int bHaveLJ[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int i;
|
||||||
|
for(i=0; (i<eNL_NR); i++) {
|
||||||
|
if ((fr->nlist_lr[i].nri > fr->nlist_lr[i].maxnri-32) || bDoForces) {
|
||||||
|
close_neighbor_list(fr,1,i);
|
||||||
|
do_fnbf(log,cr,fr,x,fr->f_twin,md,
|
||||||
|
grps->estat.ee[egLJLR],grps->estat.ee[egLR],box_size,
|
||||||
|
nrnb,lambda,dvdlambda,1,i);
|
||||||
|
reset_neighbor_list(fr,1,i);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (!bDoForces) {
|
||||||
|
put_in_list(bHaveLJ,ngid,md,icg,jgid,nlr,lr,top->blocks[ebCGS].index,
|
||||||
|
bexcl,shift,fr,
|
||||||
|
1,bVDWOnly,bCoulOnly);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static int ns5_core(FILE *log,t_commrec *cr,t_forcerec *fr,int cg_index[],
|
||||||
|
matrix box,rvec box_size,int ngid,
|
||||||
|
t_topology *top,t_groups *grps,
|
||||||
|
t_grid *grid,rvec x[],t_excl bexcl[],int *bExcludeAlleg,
|
||||||
|
t_nrnb *nrnb,t_mdatoms *md,
|
||||||
|
real lambda,real *dvdlambda,
|
||||||
|
int bHaveLJ[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
static atom_id **nl_lr_ljc,**nl_lr_one,**nl_sr=((void *)0);
|
||||||
|
static int *nlr_ljc,*nlr_one,*nsr;
|
||||||
|
static real *dcx2=((void *)0),*dcy2=((void *)0),*dcz2=((void *)0);
|
||||||
|
t_block *cgs=&(top->blocks[ebCGS]);
|
||||||
|
unsigned short *gid=md->cENER;
|
||||||
|
int tx,ty,tz,dx,dy,dz,cj;
|
||||||
|
int dx0,dx1,dy0,dy1,dz0,dz1;
|
||||||
|
int Nx,Ny,Nz,shift=-1,j,nrj,nns,nn=-1;
|
||||||
|
real gridx,gridy,gridz,grid_x,grid_y,grid_z;
|
||||||
|
int icg=-1,iicg,cgsnr,i0,nri,naaj,min_icg,icg_naaj,jjcg,cgj0,jgid;
|
||||||
|
int bVDWOnly,bCoulOnly;
|
||||||
|
rvec xi,*cgcm;
|
||||||
|
real r2,rs2,rvdw2,rcoul2,rm2,rl2,XI,YI,ZI,dcx,dcy,dcz,tmp1,tmp2;
|
||||||
|
int *i_eg_excl;
|
||||||
|
int use_twinrange,use_two_cutoffs;
|
||||||
|
cgsnr = cgs->nr;
|
||||||
|
rs2 = ((fr->rlist)*(fr->rlist));
|
||||||
|
if (fr->bTwinRange) {
|
||||||
|
rvdw2 = ((fr->rvdw)*(fr->rvdw));
|
||||||
|
rcoul2 = ((fr->rcoulomb)*(fr->rcoulomb));
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
}
|
||||||
|
rm2 = (((rvdw2) < (rcoul2)) ? (rvdw2) : (rcoul2) );
|
||||||
|
rl2 = (((rvdw2) > (rcoul2)) ? (rvdw2) : (rcoul2) );
|
||||||
|
use_twinrange = (rs2 < rm2);
|
||||||
|
use_two_cutoffs = (rm2 < rl2);
|
||||||
|
bVDWOnly = (rvdw2 > rcoul2);
|
||||||
|
bCoulOnly = !bVDWOnly;
|
||||||
|
if (nl_sr == ((void *)0)) {
|
||||||
|
(nl_sr)=save_calloc("nl_sr","ns.c",1341, (ngid),sizeof(*(nl_sr)));
|
||||||
|
(nsr)=save_calloc("nsr","ns.c",1343, (ngid),sizeof(*(nsr)));
|
||||||
|
(nlr_ljc)=save_calloc("nlr_ljc","ns.c",1344, (ngid),sizeof(*(nlr_ljc)));
|
||||||
|
(nlr_one)=save_calloc("nlr_one","ns.c",1345, (ngid),sizeof(*(nlr_one)));
|
||||||
|
if (use_twinrange)
|
||||||
|
(nl_lr_ljc)=save_calloc("nl_lr_ljc","ns.c",1349, (ngid),sizeof(*(nl_lr_ljc)));
|
||||||
|
if (use_two_cutoffs)
|
||||||
|
(nl_lr_one)=save_calloc("nl_lr_one","ns.c",1353, (ngid),sizeof(*(nl_lr_one)));
|
||||||
|
for(j=0; (j<ngid); j++) {
|
||||||
|
(nl_sr[j])=save_calloc("nl_sr[j]","ns.c",1356, (1024),sizeof(*(nl_sr[j])));
|
||||||
|
if (use_twinrange)
|
||||||
|
(nl_lr_ljc[j])=save_calloc("nl_lr_ljc[j]","ns.c",1358, (1024),sizeof(*(nl_lr_ljc[j])));
|
||||||
|
if (use_two_cutoffs)
|
||||||
|
(nl_lr_one[j])=save_calloc("nl_lr_one[j]","ns.c",1360, (1024),sizeof(*(nl_lr_one[j])));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (debug)
|
||||||
|
fprintf(debug,"ns5_core: rs2 = %g, rvdw2 = %g, rcoul2 = %g (nm^2)\n",
|
||||||
|
rs2,rvdw2,rcoul2);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
cgcm = fr->cg_cm;
|
||||||
|
Nx = grid->nrx;
|
||||||
|
Ny = grid->nry;
|
||||||
|
if (dcx2 == ((void *)0)) {
|
||||||
|
(dcx2)=save_calloc("dcx2","ns.c",1379, (Nx*2),sizeof(*(dcx2)));
|
||||||
|
(dcy2)=save_calloc("dcy2","ns.c",1380, (Ny*2),sizeof(*(dcy2)));
|
||||||
|
(dcz2)=save_calloc("dcz2","ns.c",1381, (Nz*2),sizeof(*(dcz2)));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
gridx = box[0][0]/grid->nrx;
|
||||||
|
gridy = box[1][1]/grid->nry;
|
||||||
|
gridz = box[2][2]/grid->nrz;
|
||||||
|
grid_x = 1/gridx;
|
||||||
|
grid_y = 1/gridy;
|
||||||
|
grid_z = 1/gridz;
|
||||||
|
for(iicg=fr->cg0; (iicg < fr->hcg); iicg++) {
|
||||||
|
icg = cg_index[iicg];
|
||||||
|
if (icg != iicg)
|
||||||
|
fatal_error(0,"icg = %d, iicg = %d, file %s, line %d",icg,iicg,"ns.c",
|
||||||
|
1408);
|
||||||
|
if(bExcludeAlleg[icg])
|
||||||
|
i_eg_excl = fr->eg_excl + ngid*gid[cgs->index[icg]];
|
||||||
|
setexcl(cgs->index[icg],cgs->index[icg+1],&top->atoms.excl,1,bexcl);
|
||||||
|
naaj = calc_naaj(icg,cgsnr);
|
||||||
|
icg_naaj = icg+naaj;
|
||||||
|
for (tz=-1; tz<=1; tz++) {
|
||||||
|
ZI = cgcm[icg][2]+tz*box[2][2];
|
||||||
|
get_dx(Nz,gridz,grid_z,rcoul2,ZI,&dz0,&dz1,dcz2);
|
||||||
|
if (dz0 > dz1)
|
||||||
|
for (ty=-1; ty<=1; ty++) {
|
||||||
|
YI = cgcm[icg][1]+ty*box[1][1]+tz*box[2][1];
|
||||||
|
get_dx(Ny,gridy,grid_y,rcoul2,YI,&dy0,&dy1,dcy2);
|
||||||
|
for (tx=-1; tx<=1; tx++) {
|
||||||
|
get_dx(Nx,gridx,grid_x,rcoul2,XI,&dx0,&dx1,dcx2);
|
||||||
|
shift=((2*1 +1)*((2*1 +1)*((tz)+1)+(ty)+1)+(tx)+1);
|
||||||
|
for (dx=dx0; (dx<=dx1); dx++) {
|
||||||
|
for (dy=dy0; (dy<=dy1); dy++) {
|
||||||
|
for (dz=dz0; (dz<=dz1); dz++) {
|
||||||
|
if (tmp2 > dcz2[dz]) {
|
||||||
|
for (j=0; (j<nrj); j++) {
|
||||||
|
if (((jjcg >= icg) && (jjcg < icg_naaj)) ||
|
||||||
|
((jjcg < min_icg))) {
|
||||||
|
if (r2 < rl2) {
|
||||||
|
if (!i_eg_excl[jgid]) {
|
||||||
|
if (r2 < rs2) {
|
||||||
|
if (nsr[jgid] >= 1024) {
|
||||||
|
put_in_list(bHaveLJ,ngid,md,icg,jgid,
|
||||||
|
nsr[jgid],nl_sr[jgid],
|
||||||
|
cgs->index, bexcl,
|
||||||
|
shift,fr,0,0,0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else if (r2 < rm2) {
|
||||||
|
} else if (use_two_cutoffs) {
|
||||||
|
if (nlr_one[jgid] >= 1024) {
|
||||||
|
do_longrange(log,cr,top,fr,ngid,md,icg,jgid,
|
||||||
|
nlr_one[jgid],
|
||||||
|
nl_lr_one[jgid],bexcl,shift,x,
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box_size,nrnb,
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lambda,dvdlambda,grps,
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bVDWOnly,bCoulOnly,0,
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bHaveLJ);
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}
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}
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}
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}
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}
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}
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}
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}
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}
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}
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}
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}
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}
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}
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}
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int search_neighbours(FILE *log,t_forcerec *fr,
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rvec x[],matrix box,
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t_topology *top,t_groups *grps,
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t_commrec *cr,t_nsborder *nsb,
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t_nrnb *nrnb,t_mdatoms *md,
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real lambda,real *dvdlambda)
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{
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static t_grid *grid=((void *)0);
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static t_excl *bexcl;
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static int *bHaveLJ;
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static int *cg_index=((void *)0),*slab_index=((void *)0);
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static int *bExcludeAlleg;
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rvec box_size;
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int i,j,m,ngid;
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int nsearch;
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nsearch = ns5_core(log,cr,fr,cg_index,box,box_size,ngid,top,grps,
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grid,x,bexcl,bExcludeAlleg,nrnb,md,lambda,dvdlambda,bHaveLJ);
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}
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